wordpressテーマファイルに$(function(){});みたいに書くとうまく実行できず、Uncaught TypeError: とエラーが出てしまいました。

参考になったのは以下のサイト

jQuery Uncaught TypeError: Property ‘$’ of object [object Window] is not a function

http://stackoverflow.com/questions/10807200/jquery-uncaught-typeerror-property-of-object-object-window-is-not-a-funct

メソッドを呼ぶときに以下のような書き出しで書くといいみたいです。
jQuery(document).ready(function ($) {
書き出しを変更したら無事スクリプトが動きました。

wordpress公式にも同じ情報が載っていました。
http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_script

wordpressでjqueryを使うときは注意ですね。